Cette expression est empruntée au langage de la marine. Au XVIIe siècle, les "branles" désignaient les hamacs qui faisaient office de lits aux marins.  Le "branle-bas" correspondait à un signal émis sur le navire suite auquel chacun devait libérer l'entrepont en décrochant ("mettant à bas") son branle (d'où le "branle-bas") pour nettoyer le bateau. Il existait également "le branle-bas de combat", qui était un signal émis lorsque le bateau allait être attaqué. Les marins devaient alors décrocher leur couchage pour pouvoir avoir plus de place lors de la bataille. Comme tous les marins le faisaient en même temps,
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il s'ensuivait une certaine agitation et une certaine pagaille.
C'est à partir du XIXe siècle que cette expression française est utilisée au sens figuré, comme métaphore : elle désigne une situation de remue-ménage, d’affolement et de tumulte. Elle est généralement employée à l’occasion d’un départ précipité, désordonné, dans l’urgence, à la suite d’un événement imprévu qui vient alors tout bousculer.
Quant au domaine de la marine, bien que les hamacs dans les entreponts n’existent plus, l’expression est restée. Ainsi, le "branle-bas" continue d’avoir lieu le matin et le soir, désignant le moment pour l’équipage de se préparer à se lever ou à se coucher.
