La théorie la plus probable voudrait que l’expression remonte au XVème siècle et trouve son origine dans l’argot des prisonniers où le mot "auberge" désigne la prison, ce lieu où le voleur trouve gîte et couvert, comme dans une auberge, mais une fois capturé et condamné, il n’a plus la liberté d’en sortir selon son bon vouloir. Une fois enfermé,
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il n’était pas sorti de l’auberge…
Au XIXème siècle, l’expression argotique serait passée dans le langage courant. Elle évoque le fait de ne pas en avoir terminé avec une situation éprouvante ou les ennuis de façon plus large. Elle signifie que l’on est submergé par des tâches, et qu’il nous semble compliqué, voire impossible, d'en voir le bout.